Elle assure la partie opérationnelle et constitue l'organe d'attribution de la marque. Elle se compose de 3 collèges bénéficiant du même nombre de voix :

• Collège "labellisés" : Contact, Novelty, Magnum, Beautiful Monday

• Collège "donneurs d'ordres" : SNES, Anaé, AACC, FFM2EEco-maires, Eneris

• Collège "experts" dans les domaines couverts par le référentiel (institutions, organisations, etc.) : Récylum, Screlec, Ecologic, CMB, Audiens, Afdas, Goodplanet

Une fois l'évaluation des dossiers réalisée par la Commission, un plan d'actions sous la forme d'une feuille de route est proposé à l'entreprise afin de lui permettre d'améliorer sa performance en matière de développement durable.